perl SNPDigger.pl --interval hg19.len --fa hg19.fa --input merge.sort.bam --output SNP.candidate --minhetfreq 0.1 --minhomfreq 0.85   --minquali 15   --mincover 10   --maxcover 1000 --minread2 2  --errorate 0.02   --mapvalue 20 >SNP.out2 2>SNP.log
